شناسایی پروموتر ژن sox2ot و بررسی بیان آن در نمونه های توموری مغز و رده های سلولی متفاوت توموری مغز

در سالهای اخیر توجه زیادی به نقش رونوشت های غیر کد کننده بلند در تنظیم پر توانایی سلول های بنیادی و تکوین و رشد سیستم عصبی شده است.rna غیر کد کننده بلند sox2ot دارای دو واریانت sox2ot-s1 وsox2ot-s2می باشد و در درون اینترون 3 این ژن، ژن sox2 که در حفظ پرتوانی سلول های بنیادی و تکوین سیستم عصبی نقش کلیدی دارد، قرار گرفت است. از آنجا که نقش این واریانت ها و ژن sox2به طورهمزمان در تومورزایی در سیستم عصبی مشخص نشده است. در این مطالعه بیان همزمان این ژن ها در سه نوع از تومورهای مغزی گلیوما، آدنوما و منینژیوما و چهار دودمان مغزی (a172، u87-mg، 1321n1،daoy) را توسط تکنیک realtime pcr مورد بررسی قرار دادیم. همچنین با استفاده از پیش گویی های اولیه که از آنالیزهای بیوانفورماتیکی بدست آمد، ناحیه پروموتوری ژن sox2ot را شناسایی کردیم. نتایج به دست آمده نشان داد که واریانت sox2ot-s2در تمامی نمونه ها از واریانتsox2ot-s1 بیان بالاتری دارد و این اختلاف بیان معنی دار است (p=0.0324). بیان ژن sox2و هر دو واریانت sox2ot در تومورهای گلیوما نسبت به منینژیوما بالاتر بود و اختلاف بیان میان این گروه های معنی دار است(p<0.05) و با توجه به نتایج منحنی roc به نظر می رسد ژنsox2، مارکر بهتری برای تفکیک این دو نوع تومور از هم می باشد. همچنین در نمونه های توموری آدنوما sox2 بیان نسبتا بالایی دارد، ام واریانت هایsox2ot بیان خیلی پایینی دارند. نتایج منحنی roc برای تفکیک تومورهای آدنوما و گلیوما نشان داد که واریانت sox2ot-s2 مارکر بهتری برای تفکیک این دو گروه تومورها از هم می باشد. واریانت های sox2ot تنها در دودمان ی سلولیu87-mg بیان دارد در حالیکه در سه دودمان دیگر بیان ندارند و یا بسیار پایینی دارند. sox2 در دودمان 1321n1 بیان ندارد اما در سه دودمان سلولیu87-mg،a172،daoyبیان دارد. نتایج کلونیگ توالی پیش بینی شده ، با نرم افزارgenomatix، پروموتوری نشان داد که ناحیه ما بین نوکلئوتیدهای -530 و +357 دارای خاصیت تنظیمی می باشد. یافته های بدست آمده در این تحقیق بیانگر آن است که بیان متفاوت واریانت های sox2ot و ژن sox2 در انواع مختلف تومورهای مغزی احتمالا با تومورزایی سلول های عصبی در ارتباط است و بدین ترتیب محتمل است که با مطالعات بیشتر بتوان از واریانت های sox2ot و ژن sox2 به عنوان بیومارکرهایی برای تفکیک و تشخیص انواع تومورهای مغزی استفاده کرد.